Fundada en un contexto de emergencia de los sectores populares en la política nacional, la FEP surgió en el marco del movimiento continental por la Reforma Universitaria (1918), la conmemoración del Centenario de la Independencia del Perú (1921-1924) y el régimen de la Patria Nueva (1919-1930), encabezado por el dictador Augusto B. Leguía. Desde su fundación en 1917, esta institución tuvo gran importancia como órgano representativo de los estudiantes universitarios a nivel nacional. Su propósito era reemplazar a la obsoleta asociación estudiantil existente desde 1912 –de carácter social más que gremial– para participar activamente en el debate nacional e influir en la política. Su primer presidente fue el estudiante de medicina Fortunato Quesada. Entre 1919 y 1921 la FEP publicó la revista Studium.

Esto fue posible gracias a los cambios que se produjeron dentro del estudiantado de la Universidad de San Marcos, cuya composición social evolucionaba hacia una mayor participación de estudiantes provincianos, con sus inquietudes políticas, sociales y regionalistas. De este grupo surgiría la siguiente generación de profesionales, intelectuales, periodistas y líderes políticos que marcarían la historia nacional hasta finales del siglo XX. Una generación que ha recibido diversas denominaciones: de 1919, del Centenario o de la Reforma Universitaria.

En ese sentido, muchos de esos nombres aparecen en la documentación del Archivo de la Federación de Estudiantes del Perú. Dicha documentación fue rescatada por uno de sus integrantes, el entonces estudiante de medicina Juan Francisco Valega. Este hecho responde a uno de los avatares políticos mencionados al inicio. En 1919, se produjeron una serie de acontecimientos políticos donde los estudiantes universitarios tuvieron un papel relevante. Su apoyo a las huelgas obreras (por la jornada de ocho horas, el abaratamiento de subsistencias), la huelga estudiantil por la Reforma Universitaria y su respaldo a la candidatura anticivilista de Leguía, fueron los más destacados.

Esto significó la necesidad de fortalecer la organización gremial con relación a los rápidos cambios políticos y sociales que se estaban produciendo. Su objetivo principal, heredada de la reforma de la Universidad de Córdoba de 1918, era la de establecer sólidas relaciones con la realidad del país y participar activamente en la realización de los cambios que el país necesitaba.

Con el ascenso al poder de Leguía, el movimiento estudiantil contó con su apoyo, en particular para la realización del Primer Congreso Nacional de Estudiantes, llevado a cabo en la ciudad del Cusco en 1920. Asimismo, respaldó la fundación de las Universidades Populares, orientadas a la clase trabajadora, bajo la dirección del presidente de la FEP, Víctor Raúl Haya de la Torre. Sin embargo, el giro dictatorial de Leguía en la búsqueda de su reelección presidencial provocó una ruptura que culminó con la expulsión de los estudiantes de su local en el Parque de la Exposición y la deportación de Haya de la Torre junto con otros estudiantes a fines de 1921.