Nació el 14 de junio de 1894 en el departamento de Moquegua (Perú). Sus padres fueron Francisco Javier Mariátegui Requejo y Maria Amalia La Chira Ballejos.
En 1909, a una edad temprana, ingresa a trabajar como "alcanzarrejones" (portapliegos), en el diario "La Prensa". En 1911 publica su primer artículo en el diario "La Prensa", bajo el seudónimo de Juan Croniqueur. Para 1914 comienza a escribir regularmente artículos para "La Prensa" sobre tópicos literarios y artísticos y colabora con la revista "Mundo Limeño". Al año siguiente empieza a colaborar con la revista hípica "El Turf" y con la revista femenina "Lulú" en donde escribe notas sociales, cuentos y poesías.
Para 1917 y por corto tiempo publica el diario "La Noche" en contraposición con el diario "El Día" el cual se encontraba vinculado al gobierno de José Pardo y Barreda. Ese mismo año gana el premio Municipalidad de Lima por su crónica periodística "La Procesión Tradicional", otorgado por el Círculo de Periodistas quiénes luego lo eligieron como vicepresidente de la organización.
Durante los meses de mayo a agosto de 1919, publica el diario "La Razón", que sirvió para apoyar el paro general por el abaratamiento de las subsistencias y el movimiento de reforma universitaria. Ese mismo año el diario fue clausurado por presión del gobierno de Leguía y es enviado a Italia como agente de propaganda del Perú en el extranjero, como forma de encubrir su deportación. Ese mismo año conoce a Anna Chiappe.
En 1920, Mariátegui empieza a colaborar con el diario “El Tiempo”, estas publicaciones fueron posteriormente agrupadas como “Cartas de Italia”. Ese mismo año inicia su formación marxista a través de la lectura sistemática de literatura pertinente.
Regresa al Perú en 1923 y establece contacto con Haya de la Torre y la Universidad Popular en donde comienza su ciclo de conferencias titulado "Historias de la Vida Mundial" además colabora con la revista "Variedades", en la sección "Figuras y Aspectos de la Vida Mundial". Sin embargo, durante ese año Haya de la Torre es deportado por el gobierno de Leguía y Óscar Herrera asume la rectoría de la Universidad Popular y Mariátegui la dirección de la revista “Claridad”. Es arrestado en una reunión de dicha revista junto con un grupo de profesores y alumnos de la Universidad Popular.
En Octubre de 1925, funda la Editorial Minerva junto con su hermano Julio César y publica su primer libro "La escena contemporánea". En setiembre de 1926 funda la revista Amauta que tuvo como finalidad ser la voz de un socialismo incluyente. La revista permitió dar voz a muchos intelectuales como Martín Adán, Luis Alberto Sánchez, José María Eguren, Javier Diez Canseco, entre otros. Al año siguiente Leguía denuncia un "complot comunista" e inicia la represión contra los núcleos obreros e intelectuales. Como consecuencia se clausura “Amauta” y la Editorial Minerva y Mariátegui estudia la posibilidad de trasladarse a Buenos Aires o Montevideo. Sin embargo, tras muchos esfuerzos reaparece en diciembre la revista "Amauta".
En abril de 1928, rompe relaciones con el APRA y con Haya de la Torre y funda el "Partido Socialista Peruano". Dicho partido se consolida en el mes de octubre y José Carlos Mariátegui se convierte en el Secretario General; es importante mencionar que luego de la muerte del Amauta el partido cambia de nombre por el Partido Comunista Peruano. Ese mismo año Mariátegui publica su libro titulado "Siete ensayos de interpretación de la realidad peruana", el cual fue considerado como el primer libro de análisis sobre la sociedad latinoamericana y aparece el quincenario obrero “Labor”.
Al año siguiente publica su novela corta "La novela y la vida" y funda la Confederación General de Trabajadores del Perú. En el mes de setiembre la casa de Mariátegui es allanada, esta vez debido a un supuesto “complot judío” y se clausura el quincenario “Labor”. Finalmente, fallece el 16 de abril de 1930.